LAFKI didirikan dengan tujuan untuk menjadi lembaga akreditasi fasilitas kesehatan yang berstandar tinggi di tingkat nasional maupun internasional, dan dapat memberikan standar kualitas layanan terbaik baik kepada setiap Rumah Sakit ataupun Surveior.
Membina dan membantu fasilitas kesehatan untuk menerapkan standar mutu pelayanan dan fasilitas untuk menjaga keselamatan pasien, serta dalam prosesnya memberikan informasi kepada masyarakat dan pengguna jasa tentang kualtias dan kemampuan fasilitas kesehatan supaya dapat membantu pemerintah mencapai tujuan kesehatan nasional.
LAFKI merupakan sebuah lembaga independen yang bertujuan untuk memberikan penilaian dan jaminan terhadap fasilitas kesehatan di Indonesia dengan tujuan peningkatan mutu dan keselamatan pasien menuju Indonesia Sehat.
